In un paese diviso tra due fazioni nemiche, il regno della notte e della luce, il giovane Tamino smarrito nella foresta viene attaccato da un mostro misterioso e sviene impaurito. Quando si sveglia trova Papageno, un uomo stravagante che dice di averlo salvato ma appaiono le tre dame che spiegano di essere state loro in realtà ad aver sconfitto l’animale e per punire Papageno di aver mentito gli sigillano la bocca! Nel frattempo mostrano a Tamino il ritratto di una ragazza della quale si innamora. Questa ragazza si chiama Pamina, è la figlia della Regina della notte e da poco è stata rapita alla madre da Sarastro, sovrano del regno della luce. La regina compare poco dopo durante un temporale ordinando a Tamino di andare a liberare sua figlia insieme a Papageno e, per aiutarli, dona loro un flauto magico e delle campanelline d’argento. Tre bambini li guidano verso il castello di Sarastro ma la strada non è facile e i due si perdono. Papageno arriva per primo al regno di Sarastro e s’imbatte sulla giovane Pamina che subisce le cattiverie di Monostatos, braccio destro di Sarastro; Papageno riesce a intercettare la fanciulla e decidono di scappare alla ricerca di Tamino. Nel frattempo Tamino arriva alle porte del regno della luce e viene accolto dagli aiutanti di Sarastro che gli descrivono la regina della notte come una bugiarda mezza pazza. Il giovane, non sapendo più cosa pensare, suona il flauto magico e il suo potere gli ridà coraggio; dopo pochi istanti incontra Pamina per la prima volta. È amore, ma il sovrano li separa e invia Tamino e Papageno al tempio delle prove per misurare il loro valore. Vengono catapultati in un labirinto e devono mantenere il silenzio a qualsiasi costo. Tre dame cercano di distrarli, ma Tamino resiste; in questi istanti, la Regina riesce a incontrare Pamina e, furiosa, le ordina di uccidere Sarastro. La giovane donna spaventata scappa alla ricerca di Tamino che, una volta trovato, non le parla. Pamina fugge disperata. Papageno rimasto solo nel tempio per farsi coraggio suona le campanelline magiche e, all’improvviso, appare una anziana donna misteriosa che si presenta come la sua fidanzata. Dopo qualche parola scambiata, si toglie il travestimento e si svela un’affascinante ragazza, ma sparisce subito. Nello stesso momento Pamina ha ritrovato Tamino che ha terminato la prima prova e finalmente le spiega tutto. Insieme, grazie agli incantesimi del flauto, riescono a superare anche le successive: quella del fuoco e dell’acqua. Anche Papageno ritrova Papagena, la sua fidanzata smarrita ma questo incontro è interrotto dalla regina della notte accompagnata dalle sue tre dame e da Monostatos (che ha cambiato schieramento) e dichiarano la guerra al regno della luce. Questa lotta spietata è interrotta da una manifestazione per la pace iniziata da Pamina e Tamino, poi raggiunti dal resto dei protagonisti. Una nuova era è iniziata: il regno della pace.